腸道菌羣檢測目前常用的方法，包括糞便化驗、活體組織檢查、基因檢測等。
1、糞便化驗
它是最為常見腸道菌羣檢測方法。它通過提取受檢者糞便物，並送至病理學實驗室進行菌落羣培養，繼而檢測糞便物中各類型菌羣比例及種類。
2、活體組織檢查
這是一種侵入性檢查，但準確率相對更高。醫務人員會配合腸鏡檢查，並在結腸末端、直腸等部位進行活體組織取樣，配合通常相關病理學培養及成分檢測，觀察腸內菌羣比例及分佈。
3、基因檢測
腸道菌羣也受基因遺傳影響，通常對特定基因進行相關排序檢測，可對腸道菌羣進行初步排查診斷，並有助於後續檢查及治療方案針對性制定。
除上述醫學檢查，腸道菌羣檢查方法還可能包括血清學檢查等其他方式。
