核磁共振是現代的檢查手段。其具有良好的軟組織分辨率，無電離輻射風險。通過多序列、多參數、多方位的成像特點，使一次磁共振即可獲得豐富的診斷信息。核磁共振可用於全身軟組織病變檢查，還可用於檢查骨與關節的感染、腫瘤、外傷等，尤其對細微改變與骨挫傷有較大診斷價值。
在胸部主要檢查縱隔腫物、淋巴結及胸膜病變等；在盆腔方面，可檢查子宮肌瘤、子宮其他腫瘤、卵巢腫瘤，盆腔內包塊的定性定位，直腸、前列腺和膀胱腫物等；在腹部主要對肝癌、肝血管瘤及肝囊腫進行診斷與鑑別；在神經系統方面，可檢查腦梗塞、腦腫瘤、先天性畸形、外傷等；對心血管系統，可用於心臟病、心肌病、心包積液及附壁血栓、內膜片剝離等的診斷。
