碘酮與碘伏的區別表現為使用物件不同、效果不同、安全性不同，應用範圍也有區別，應在專業醫生指導下使用。
1、使用物件不同
碘酮一般用於面板黏膜的消毒，而碘伏主要用於面板的消毒。
2、效果不同
碘酮的殺菌效果比碘伏要差一些，傷口感染較深時，一般使用碘伏比較好。
3、安全性不同
在使用碘酮時，容易引起面板過敏，導致面板出現泛紅、瘙癢、腫脹及疼痛等症狀。在使用碘伏時，副作用比較小，引起過敏的機率較低，因此安全性比較高。如果是孕婦或者新生兒，一般建議使用碘伏，相對較安全一些。
4、應用範圍不同
碘酮除了外用藥外，還有適合牲口的口服液及消毒劑，而碘伏一般用於人體的傷口消毒，應用的範圍有一定的區別。一般臨床上，碘伏對人體的應用會比較廣泛，用藥時，需嚴格遵循專業醫生的指導。
