一般情況下，免疫系統的問題會影響懷孕。具體分析如下：
免疫系統是人體的一種防禦系統，可以識別和消滅入侵人體的病原微生物、異物和腫瘤細胞。一個健康的免疫系統對於維持身體內的穩態和對抗病原體起着重要作用。免疫系統的異常可能導致自身免疫性疾病，如類風濕性關節炎、紅斑狼瘡、肝炎等等。這些疾病可能會影響生育能力，造成不孕不育或者生育風險增加。例如，自身免疫性疾病中的抗磷脂抗體綜合症可以導致反覆流產、早產、胎兒發育遲緩、妊娠期高血壓綜合症等併發症。免疫系統的問題也可能導致着牀失敗、胚胎髮育異常等問題。此外，免疫系統的過度活躍也會導致排斥胎兒，造成習慣性流產。
因此，如果存在免疫系統問題，建議在懷孕前就進行全面的體檢，及時採取措施控制免疫系統異常。同時，建議在懷孕期間定期接受產前檢查，及時發現和治療任何可能的問題，以保障母嬰健康。
