一般情況下，巧克力囊腫手術後複發率，取決於具體的手術方式，比如保留生育功能的手術、保留卵巢功能的手術、根治性手術。具體分析如下：
1、保留生育功能的手術
年輕、有生育要求的患者，可以在專業醫生的操作下采取保留生育功能的手術切除病竈、分離粘連，但是會保留子宮，以及保留至少一側或者部分卵巢，該手術的術後複發率會高達40%左右。建議患者在術後儘早妊娠，並且在醫生的指導下使用藥物治療，減少復發。
2、保留卵巢功能的手術
45歲以下患者症狀明顯、沒有生育要求時，可以在專業醫生操作下采取保留卵巢功能的手術治療，但是需要切除病竈及子宮，促進症狀緩解，複發率通常約爲5%左右。
3、根治性手術
45歲以上重症患者需要在專業醫生的操作下采取根治性手術切除病竈、子宮、雙側附件，通常不會復發。
患病後需要在醫生指導下積極治療，以免疾病加重，增加治療難度。
