子宮內膜異位症的治療可根據病人的年齡，對生育要求及症狀的輕重，制定綜合的治療方案，分爲藥物或手術治療。藥物治療，年輕女性有痛經、查體盆腔無明顯包塊，給予短效的口服避孕藥。
二、手術治療。卵巢上發生巧克力囊腫，病變體積往往增大或者發生在其他部位的子宮內膜異位結節直徑在2釐米以上者不易用藥物控制，而需要手術治療。或者經過六個月甚至一年的藥物治療，病情仍不見好轉也應考慮手術切除。如果患者年輕沒有子女，手術一般只將內膜異位病竈切除，而將子宮和正常的卵巢組織保留下來，稱爲保守手術，術後採用短效口服避孕藥或上曼月羅環的方式進行管理，這種手術保留了生育的可能性，但復發機會較大。
如已有子女患者年齡較大，大於35歲，可以在切除內膜異位病變的同時切除子宮，但保留正常的卵巢組織，稱爲半保守手術。此法從長遠來看效果優於保守性手術，但不能絕對防止復發。
如果患者年近絕經期或內膜異位病變過於廣泛，難以徹底根除，則在手術時將子宮卵巢一同切除，稱爲根治性手術。
