吸奶器每次用了都需要清洗消毒，以免長時間黴菌或細菌感染，導致嬰兒食用後腹瀉或不適。
吸奶器在使用後應該儘快清洗，需要把吸奶器徹底拆卸，用清水沖洗掉奶液，然後用洗潔精和熱水把所有部位徹底刷洗乾淨。至少用熱水沖洗兩次或兩次以上，沖洗乾淨，然後將瓶子和容器放在乾淨的廚房紙巾或者乾淨的毛巾上，等風乾。在裝起來之前，確保瓶子和容器已經完全晾乾了。如果是可以耐高溫的、註明可以用洗碗機清洗的吸奶器，可以完全拆卸後，放入洗碗機清洗。
吸奶前可以適當按摩或熱敷乳房，從而使乳腺擴張，使乳汁順利吸出。吸奶後要再次清潔乳房，還可以用防溢乳墊保持乳房的清潔和乾爽，使用吸奶器時，要掌握適當的節奏。若感到乳頭疼痛或吸不出乳汁時，不要強行使用吸奶器。
