氫氣無毒，無色無味，也不具有放射性和毒性。
在大氣中含有微量的氫氣，所以吸入一點氫，對身體沒有任何傷害，反而會對身體有好處。氫是一種無毒的氣體，能有效地防止氧化損傷、細胞凋亡、炎症反應、血管異常增生。目前氫在新生兒腦缺氧、心肌梗死、動脈硬化、帕金森病等多種病症中得到廣泛應用。雖然氫氣沒有任何的毒性，對治療某些疾病有很大的幫助，但是如果不小心吸入了大量的氫氣，就會影響到身體的氧氣輸送和利用，造成身體的組織細胞缺氧，從而造成缺氧性窒息。
此外氫氣是一種易燃、易爆的氣體，溫度太高或四周有明火，容易發生爆炸，對人體的健康造成威脅。
