沙眼併發症包括眼瞼內翻和倒睫、上瞼下垂、瞼球粘連、角膜混濁等。
1.眼瞼內翻和倒睫：如果沒有得到及時有效治療，沙眼損害瞼板後會引起瞼板肥厚、變形，並伴隨瞼結膜瘢痕收縮，形成眼瞼內翻和倒睫。
2.上瞼下垂：沙眼造成結膜和瞼板肥厚，導致重量增加，會對肌肉形成損害，並且減弱提上瞼的功能，繼而引起上瞼下垂。
3.瞼球粘連：沙眼導致瞼結膜瘢痕收縮而縮短後，會造成瞼球粘連。
4.角膜混濁：沙眼衣原體導致上皮性角膜炎，形成角膜血管翳，並且倒睫會刺激角膜，引起角膜混濁的現象。
另外，如果沙眼沒有得到及時有效治療，也有可能會引起實質性結膜乾燥症、慢性淚囊炎，甚至導致患者失明，需要積極治療。
