根據2018年中華醫學會高壓氧醫學分會制定的高壓氧的禁忌證包括絕對不安全因素和相對不安全因素。絕對不安全因素包括未經處理的氣胸、同時服用雙硫侖藥物的、同時服用抗腫瘤藥物如博萊黴素、阿黴素、順鉑的，早產和（或）極低體重新生兒。
相對不安全因素則包括胸部外科手術圍手術期、中耳手術圍手術期、呼吸道傳染性病毒感染、未控制的癲癇、高熱、幽閉恐懼症、顱底骨折伴腦脊液漏、先天球形紅細胞症、未控制的高血壓等，其中妊娠3個月以內不建議連續多次高壓氧治療，必須需要高壓氧治療除外。
相對不安全因素不是絕對不能做高壓氧治療，而是需要高壓氧專業醫生綜合評估患者病情，權衡利弊，有時也需要跟患者及其家屬溝通後，才能決定是否進行高壓氧治療。
高壓氧在神經科、耳鼻喉科、骨科、腫瘤科、急診科等多科室應用比較廣泛，主要用來治療各種顱腦損傷、缺血性和出血性腦血管意外，耳聾、耳鳴，脊髓損傷、骨缺血缺氧壞死、傷口不癒合、厭氧菌感染、腫瘤放化療的輔助治療等，對一氧化碳中毒和減壓病是特效治療。
