在採用化療藥物治療腦癌的過程中，由於藥物區分正常細胞與惡性細胞的能力不強，對正常細胞也有毒害，會引起明顯不良反應。我們應該瞭解腦瘤化療中產生的副作用，並以積極樂觀的姿態面對，儘量消除副作用帶來的不良影響。
腦癌化療藥物中，有些藥物如氮芥、環磷酰胺、阿黴素等隨着藥物劑量的增加，療效也會提高，而且還有可能在一定程度上克服惡性細胞的耐藥性。當然，化療藥物的劑量加大，不良反應也就增加，從這個觀點看，似乎不良反應越大，化療效果越好有一定道理。
因此，腦癌化療療效應根據具體藥物，具體化療方法，是否合併應用輔助用藥等而定。單純的說腦癌化療的不良反應越大，療效越好的說法並不完全正確。原則上應該是通過化療獲得最大療效，並且儘可能把腦癌化療藥物的不良反應降至最低點。
