一般情況下，跑步後腦勺疼可能是劇烈運動、三叉神經痛、頸椎病等原因導致，可通過一般治療、使用藥物、手術等方法治療。具體分析如下：
1、劇烈運動
如果運動幅度比較大，動作比較劇烈，有可能會導致腦後血管收縮、痙攣引起疼痛症狀。平時運動時需要注意循序漸進，避免過度運動，以免引起身體不適。
2、三叉神經痛
三叉神經痛由於三叉神經的異常興奮和傳導，導致面部劇痛和感覺異常，由於疼痛劇烈會出現放射性，引起顱內疼痛。患者可在醫生的指導下使用間動電流療法、離子導入療法等方法改善症狀。
3、頸椎病
頸椎病導致頸椎周圍的軟組織和神經受到壓迫和損傷，引發神經症狀，如頭痛、頸部疼痛、肩背痠痛等。患者可通過減壓手術、椎板成形術等方法治療。
除以上原因外，還有可能是高血壓、腦血栓、顱內腫瘤等原因導致。如出現頭部不適，建議及時到醫院坐就診，以便早期診斷和治療。
