酵素軟糖的副作用與危害性主要是可能會導致有嚴重腹瀉、血糖升高、過敏等情況產生。
1、嚴重腹瀉
酵素具有滲透性導瀉的作用，若在食用時沒有對量進行控制，極可能會因酵素攝入過多引起嚴重腹瀉。
2、血糖升高
由於其中的糖分含量較高，在攝入後還可能會導致血糖升高，特別是本身血糖較高的患者，長期食用還可能會引起糖尿病。
3、過敏
過敏體質在食用後還易引起皮膚瘙癢、紅腫、起疹等過敏現象。
除此之外，在製作發酵的過程中，如果滋生細菌，還可能會引起食物中毒等情況。
