上下顎咬合耳根處疼痛能否自愈，應根據病因來決定。可能是不良咬合習慣、根尖周炎、外耳道炎等導致。
1、不良咬合習慣
由於咬合習慣不好，會引起顳下頜關節疾病，從而引起上下頜咬合耳根疼痛。可在醫生指導下使用洛索洛芬鈉片、布洛芬緩釋膠囊、離子導入等進行治療。
2、根尖周炎
根尖周炎是指由細菌、外傷或者是其他的因素造成的牙根根尖周圍組織的炎症，從而導致上下顎咬合耳根處疼痛。可在醫生指導下使用阿莫西林膠囊、頭孢地尼分散片、甲硝唑片等藥物進行治療。
3、外耳道炎
外耳道炎是外耳道皮膚或皮下組織的廣泛的急、慢性炎症，可引起上下顎咬合耳根處疼痛。患者可在醫生指導下使用魚石脂軟膏、甲硝唑霜劑、氯黴素滴耳液等藥物進行治療。
上下顎咬合耳根處疼痛還可能是中耳炎導致。建議患者應注意飲食忌口，不能吃堅硬、不易消化食物，以免加重病情，導致身體不適。
