新生兒腦損傷能否自愈並不確定。如果是輕微損傷，可能自愈，如果腦部功能損傷嚴重，想自愈就會比較困難。
新生兒腦部處於快速發育期，如果有輕微的腦損傷，並且能夠及時處理，日常生活中注意護理，隨着身體發育及腦細胞的修復，有可能是能夠自愈的。這些損傷的情況主要是新生兒經產道出來時，腦部受到擠壓引起頭部血腫，或者頭部輕微撞傷等，要及時檢查腦損傷的情況。
如果新生兒腦損傷嚴重，導致顱內受損，引起腦出血，自愈的可能性是比較小的。先天性腦損傷及嚴重的後天腦損傷，在新生兒發育及腦部修復的過程當中，無法進行完全的損傷修復，有可能會引起神經系統發育異常、中樞性運動障礙及視聽障礙、癲癇等，甚至會造成癱瘓。
發現新生兒有腦損傷症狀時應及時檢查，明確病情，早期干預和治療，能夠提高恢復正常的機率。
