一般來說，手足口病的病原體對理化因素的抵抗力較強，包括室溫下在衣物、毛巾、被褥和玩具上可存活數日。
引起手足口病的病原體屬於小RNA病毒科、腸道病毒屬，具體包括柯薩奇病毒、埃可病毒以及腸道病毒。
腸道病毒對理化因素的抵抗力較強，室溫下在衣物、毛巾、被褥和玩具上可存活數日，在污水和糞便中可存活數月，在pH值3到9的環境中穩定，在胃腸道能耐受胃酸、蛋白酶和膽汁的作用，對熱、去污劑均有一定抗性，但加熱50℃可迅速破壞病毒，各種氧化劑，如高錳酸鉀、雙氧水、漂白粉等可用於消毒。
手足口病的傳染源包括患者和隱性感染者，病毒主要存在於血液、鼻咽分泌物及糞便中，其中糞便中病毒排毒時間爲4到8周，以發病後1周內傳染性最強。
手足口病主要經糞-口途徑傳播，其次經呼吸道飛沫傳播和密切接觸傳播。手足口病本身屬於丙類傳染病，易感人羣應有良好的個人衛生習慣，勤洗手。如果患上手足口病，應注意監測患兒體溫，預防高熱，保持口腔清潔。
