腎結石形成的原因特別複雜，當尿液中的水、鹽、礦物質以及其他物質正常的平衡改變時，就有可能形成腎結石。改變尿液平衡的因素有以下方面：
飲水不足，在沒有飲用足夠量水的情況下，尿液中的鹽、礦物質以及其他物質可能聚集在一起，形成結石，這是腎結石最常見的原因。基礎疾病比如痛風和甲狀旁腺疾病，可以導致腎結石的出現。
有一些因素可能會增加腎結石的風險，這些因素有些是可控的，有些是不可控的。可控的因素包括飲水量、飲食、超重和藥物，不可控的因素有年齡和性別，30-50歲的男性最可能患有腎結石，有腎結石的家族史、多次尿路感染的病史、泌尿系統的畸形、存在甲狀旁腺機能亢進或痛風、克羅恩病都有可能導致結石的發生。
