宮腔鏡取胚術存在的危害主要有幾點：首先，如果不夠正規，手術消毒不嚴格，把細菌帶進宮腔就可能引發手術感染，繼而引起各種併發症，甚至不孕症。
其次，可能會出現閉經的現象，主要原因是子宮內膜基底層受到損害，假如子宮內膜基底層全部受損就會導致永久性的閉經，假如部分受損可能會出現暫時性的閉經。有很多女性朋友由於工作原因在宮腔鏡取胚後就直接上班了，這樣對身體傷害是很大的。
宮腔鏡取胚後，受創傷的子宮需要一段時間的修復，子宮內膜被剝脫以後也需要時間重新增生、癒合。假如恢復的時間裏不能好好休息，就會影響子宮的恢復，從而延長手術後陰道出血時間。出血時間長，很容易發生感染和失血性貧血，甚至可能因此而引發盆腔炎、陰道炎等婦科炎症。
