第一、神經病學異常。
自閉症多伴有智能障礙提示了本病的神經病學基礎近30%的患兒在兒童期或青春期會出現一種或更多種類型的癲癇發作，部分發作伴或不伴全身發作爲其主要發作類型。
第二、圍生期異常
研究發現，在妊娠、分娩和新生兒期的異常和自閉症持續相關，然而這些併發症卻無明顯統一的特徵。
第三、消化系異常
一些消化異常疾病，如胃食管反流、腸消化酶缺乏等，可以部分解釋自閉症患兒的易怒、攻擊行爲或夜間驚醒。
第四、疫苗
最初有證據表明，麻疹、腮腺炎、風疹疫苗的接種增加了自閉症的發病率，但這在隨後的研究中未被證實。疫苗中含汞的防腐劑硫柳汞是否會增加自閉症的發病率尚未確定。
第五、遺傳因素
自閉症與一些遺傳性疾病如結節性硬化、苯酮尿症、脆X 綜合徵及唐氏綜合徵有關，這些疾病有明顯的自閉症症狀。
