衆所周知，生殖器皰疹是一個性傳染病，往往發生在人與人之間，發作期、恢復期患者以及不顯症狀的健康帶菌者爲該病的傳染源。主要通過病損處的水皰皰液、唾液及糞便中存在的病毒進行傳播。該病主要通過性行爲傳染，通過被污染物品的間接傳染較少。
此外，患生殖器皰疹的母親，在分娩過程中，經過產道可將病毒直接傳染給新生兒，或懷孕過程中患病，當機體抵抗力低時，病毒可通過胎盤傳給胎兒。某些因素如情緒激動、發熱、月經來潮、性行爲等，使潛伏於神經節內的病毒活化後沿周圍神經下行至表皮細胞引起局部病損。
生殖器皰疹的傳染源是患者及帶病毒者，尤其是在患者的生殖器皮膚或粘膜的皰疹內含有單純皰疹病毒，可通過性接觸而傳染給配偶或其他性侶，也可在同性戀者中互相傳染。有時在口腔或口腔周圍患有皰疹的人，可通過口腔——生殖器性交，使對方傳染生殖器皰疹。因此，不同方式的異性性行爲，也可傳播生殖器皰疹病。由於有傳染性的病毒能在潮溼的環境中存活數小時，因而單純皰疹也可通過污染物而間接傳播。因爲生殖器皰疹在潛伏中也有傳染性，所以會讓人在不知不覺成爲皰疹的的傳播者和受害者。
醫生建議，不管你的性伴侶安不安全，健不健康，最好都要使用保險套，而且是全程使用;此外最好避免性伴侶複雜等情形，纔可以避免的生殖器皰疹感染，而若是患了性疾病，也必須和性伴侶一起治療，纔不會一再互相傳染，怎麼治療也治不好。
