腎盂腎炎患者，經有效抗生素治療，一般在2～3天內症狀會明顯改善，若無改善，症狀加重，出現持續高熱，血白細胞顯著增加，應考慮到併發症的出現，腎盂腎炎常見的併發症有：
1、腎乳頭壞死：是嚴重併發症之一，常發生於糖尿病或尿路梗阻的腎盂腎炎患者，可併發敗血症或導致急性腎功能衰竭。
2、腎周圍膿腫：由嚴重腎盂腎炎直接擴展來，佔90%，致病菌多是革蘭陰性桿菌，以大腸桿菌常見，多存在在糖尿病，尿路結石等不利因素，病人常出現明顯的單側腰痛和壓痛，向健側彎腰時，疼痛加劇，治療宜用強有力抗菌素，加強支持治療，或切開引流。
3、併發感染性結石：結石的成分以磷酸銨鎂爲主，這是由於變形桿菌等所含的尿素酶，可分解尿中的尿素，使尿素呈鹼性，而磷酸鹽在鹼性尿中的溶解度明顯降低，易產生沉澱而形成磷酸銨鎂和磷灰石性結石。
4、革蘭陰性桿菌敗血症：多發生於急性，嚴重性腎盂腎炎，表現來勢兇險，突然寒戰，高熱，常引起休克，死亡率達50%，應積極給予強有力抗菌素，加強支持治療。
