基本藥物目錄，是基本藥物制度落地的抓手。因此，目錄的調整以及目錄品種在基層的配備使用，都是整個制度運行裏最敏感的一環。
動態調整基本藥物目錄
2009年8月18日，衛生部、國家發改委、工信部等九部委聯合印發《關於建立國家基本藥物制度的實施意見》，併發布《國家基本藥物目錄(基層醫療衛生機構配備使用部分)》。此後，按照基本藥物制度要求，所有政府辦基層醫療衛生機構，即鄉鎮衛生院、社區衛生服務中心，只能使用基本藥物目錄內的品種。
2009版的《國家基本藥物目錄》，包括化學藥品和生物製品205個品種;中成藥102個品種。這些基本藥物全部納入基本醫療保障藥品報銷目錄，報銷比例明顯高於非基本藥物。但因國家基本藥物目錄的數量有限，出現了藥品種類不足及配置不合理的問題，許多病人因此流向大醫院。
爲緩解這一矛盾，基本藥物制度實施初期，爲緩解基層用藥不足，作爲階段性措施，中央允許各地以省(區、市)爲單位增補非目錄藥品。這項政策既發揮了積極作用，也存在不規範的問題。
北京大學醫藥管理國際研究中心主任史錄文說，該研究中心在2011年3月專題研究了27個省(區、市)已公佈的增補基本藥物目錄，平均增補188個藥物品種，加上307種國家基本藥物，我國基層醫療衛生機構平均配備基本藥物達到500種左右，有些省份達到600種，遠遠高於世界衛生組織推薦的標準。2012版《國家基本藥物目錄》藥品達到520種，增補後有些地區達到800多種，已接近醫保目錄品種總數。
調研發現，在各省增補的基本藥物品種中，重合的藥品只有1種，這說明各省增補藥品的隨意性太強，存在一定程度的地方保護主義。而且，一味滿足基層醫療衛生機構的“習慣用藥”，會導致濫用“三素一湯”(抗生素、激素、維生素以及輸液)現象愈演愈烈，也易孳生醫藥腐敗。
北京大學醫藥管理國際研究中心在2010年年底還對6省261家基層醫療衛生機構的基本藥物使用情況進行調研，發現經濟欠發達地區的抗生素和注射劑的使用比率仍然很高。
隨着2012年版《國家基本藥物目錄》的實施，決策部門明確，不鼓勵各地進行新的增補。
基層政策根據實際改進
隨着基本藥物制度的推進，2014年，國家放開基層用藥限制，城市社區衛生服務中心和農村鄉鎮衛生院可暫按省級衛生計生行政部門規定和要求，從醫保(新農合)藥品報銷目錄中，配備使用一定數量或比例的藥品，滿足患者用藥需求，落實藥品零差率銷售。
在這項政策的推動下，基層用藥政策進一步完善，在全面配備、優先使用基本藥物的前提下，允許基層醫療衛生機構在醫保目錄範圍內選擇一定比例的非基本藥物使用，以保障基層藥品供應。
在史錄文看來，很多慢性病如高血壓、糖尿病等疾病患者，使用的藥物是非基本藥物，而且要長期服用，因此在基層醫療衛生機構往往買不到，患者還得定期去大醫院買。基層也能使用非基本藥物後，能解決這部分患者的需求，而銜接大醫院和基層用藥，有利於促進雙向轉診，建立分級診療，推動合理就醫。
而從基層醫療衛生機構的角度來看，部分大中城市社區衛生服務中心和農村鄉鎮衛生院經過多年發展，服務能力大大增強，臨牀用藥需求增加。而決策部門允許基層機構配備一定數量或比例的非基本藥物，能更好地適應基層基本醫療服務的新要求、新特點，進一步滿足基層用藥需求。
專家表示，放開限制不會削弱基本藥物的地位，反而會加強基本藥物制度的作用。各省增加的醫保、新農合藥物，不一定都會和目錄中的基藥功效重合，即使同一疾病每個人的用藥都會有所不同，非基本藥物不一定適合每一位患者。而且還有醫保、新農合的約束，也有使用比例和金額控制，滿足了大量的、一般性的基本需求，同時適度照顧了特殊性的需求，基本藥物制度因此得到了完善。
史錄文表示：“基本藥物不一定就是差的、人人不喜歡用的藥物。它只是一種人人可公平獲得、可及的保障性藥品。國家通過一個完整的籌資、遴選、採購、供應的體系，保障人人有藥可用。所以放開基層用藥限制，只對基層用藥體系進行了完善，基本藥物的主體保障作用仍在發揮。”
