一般情況下，小腹隱隱作痛，有褐色分泌物可能是生理現象，也可能是盆腔炎、子宮內膜息肉等病理因素導致。具體分析如下：
一、生理因素
可能是在排卵期，身體內的激素水平受到影響，導致部分子宮內膜脫落，引起排卵期出血，會出現小腹隱隱作痛並伴隨褐色分泌物的現象。一般持續3~5天會自行消失，一般不需要特殊處理。
二、病理因素
1、盆腔炎
當盆腔受到病毒、細菌等病原微生物感染之後，局部形成炎症反應時，在炎症刺激下所引起。建議在醫生指導下服用阿奇黴素分散片、頭孢克肟片、阿莫西林膠囊等藥物控制炎症感染，改善症狀。
2、子宮內膜息肉
由於子宮內膜息肉位於宮腔內，當息肉逐漸增大刺激子宮粘膜之後所引起的。如果息肉過大建議到醫院通過手術的方法將其切除，改善症狀。
此外，還可能是卵巢囊腫導致的。如果症狀長時間不能改善時，需及時就醫。
