早上起來眼睛有眼屎考慮是過敏、結膜炎、乾眼症等原因引起的，建議對因用藥治療。
1、過敏：自身屬於過敏性體質的人羣在接觸到柳絮、花粉、動物皮屑等過敏物質時，有可能導致眼睛過敏，引起眼睛分泌物增加，出現該症狀。建議遠離過敏原，可以冷敷眼睛緩解症狀。必要時可以遵醫囑服用抗組胺類藥物治療，常用藥物有鹽酸西替利嗪片、氯雷他定片等，有助於緩解過敏反應。
2、結膜炎：眼表的防禦能力減弱或者外界致病因素增強時，有可能形成結膜炎，造成該現象。可以在醫生指導下使用玻璃酸鈉滴眼液、聚乙烯醇滴眼液等眼藥水潤滑眼睛。也可以遵醫囑使用硫酸慶大黴素注射液、氧氟沙星滴眼液等藥物抵抗感染緩解症狀。
3、乾眼症：長時間用眼導致眼睛過度疲勞，使眼睛無法產生足夠的淚液，或者淚液蒸發過快時，有可能形成乾眼症，造成該現象。建議在醫生的指導下口服硝酸毛果雲香鹼片、或者使用甲硫酸新斯的明注射液等藥物促進淚液分泌，也可以遵醫囑局部應用低濃度環孢素滴眼液，減輕眼表面及淚腺的炎症，改善淚液分泌。
除了以上原因，倒睫、淚囊炎等原因也可能引起早上起來眼睛有眼屎。建議到醫院就診，查明具體病因，對因治療。
