鼻拭子和咽拭子區別主要在於留取標本位置、材質不一樣，一般認爲鼻拭子比咽拭子檢測效果好一點。
咽拭子是在咽部，可能會因爲各方面原因而減弱病毒含量，而鼻拭子需要到鼻腔裏，不是外鼻腔，暴露風險相對咽拭子更低，而採集時是用比較長的拭子，緩緩旋轉送到鼻腔深部，採取的過程也會比咽拭子時間長，可以獲得足夠量的樣本。
鼻咽採集法從鼻咽部採集樣本，鼻咽部是鼻子後面的喉嚨上部。在此測試前需清潔雙手，然後將一根小尖頭棉籤平行於下巴插入鼻腔內，感覺到阻力後停下。棉籤插入的深度不超過鼻孔和耳朵之間距離的一半。然後將鼻拭子在保持原位的同時旋轉幾次，然後在輕輕旋轉的同時緩慢取出。若是拭子的尖端被樣本完全浸透，就不需要從兩個鼻孔採集樣本。
