性別認知障礙指的是在心理上不能認同自己的性別，認爲自己應該是另一個性別。
性別認知障礙可能是因爲大腦皮質受到破壞、子宮內發育時期激素異常，或者過度分離焦慮，以及第二性徵發育不良等因素導致。在兒童時期，一般會出現表達對另一個性別的渴望，或者堅持認爲自己是另一個性別，同時喜歡異性的服裝或者玩具，遊戲等，會對自己的生殖器感到厭惡。在青少年時期時會對自己身體產生或者增加厭惡感，會出現進行手術或者藥物治療的強烈渴望。在成人時期時會表現爲強烈的意願想要改變自己的生理性別以及身份，喜歡模仿異性的表情、姿勢、聲調等，同時有可能會自己服用可以導致體態發生變化的藥物，甚至做手術改變性格。
性別認知障礙的治療目的主要是通過安全，以及可以持續的方式緩解症狀，以最大限度的提高患者的生活質量。
