由於病情不同，一般不存在慢性結腸炎吃什麼益生菌最好的說法。但是在醫生的指導下合理吃雙歧桿菌四聯活菌片、乳酸菌素片、酪酸梭菌活菌片等，有利於病情好轉。
1、雙歧桿菌四聯活菌片
該藥物具有改善慢性咽喉炎引起的排便異常、消化功能下降等情況，所以可以遵醫囑適量吃。
2、乳酸菌素片
也可以遵醫囑吃乳酸菌素片，具有改善腸內異常發酵、腸炎等原因引起的腸道不適症狀。
3、酪酸梭菌活菌片
通常可以在醫生的指導下吃酪酸梭菌活菌片，屬於活菌製劑，而且菌數一般不低於6.3×107CFU，能夠改善腸道菌羣紊亂現象，緩解腸道炎性病變引起的消化不良、腹瀉等症狀。
另外，還可以吃複方嗜酸乳桿菌片等，有助於改善腸道微環境。
