通常情況下，正確適量食用南瓜子不會對身體健康造成太大的影響，但若長期過量食用可能會造成血脂的升高、肥胖以及上火等不良後果。
炒熟的南瓜子中含有很多脂肪，相比於正常的飲食可能會過於油膩，長期大量食用可能會造成較多的脂肪在人體內部的堆積，從而導致身材肥胖和血脂的升高。若本身患有高血脂或脂肪肝等其他疾病的人建議避免食用南瓜子，以免導致自身病情的加重。
此外，南瓜子雖性平味甘，但炒熟後比較乾燥，熱性比較大。經常過量食用可能會造成身體上火，從而導致喉嚨腫痛、口腔潰瘍或者牙齦腫痛的症狀。建議可以適當搭配一些下火蔬菜食用緩解不適，如綠豆、苦瓜等。
