病理的應用特別廣泛，像手術切除的標本都需要送到病理科，明確病變性質；再如胃鏡、腸鏡、支氣管鏡、膀胱鏡等鉗取的標本，也需做病理檢查才能明確是良性、惡性病變；還有像穿刺組織、以及體液，如胸腹水、尿液、痰等都需要做病理以明確體液的性質。
手術中可能也需要做病理，主要爲冰凍病理檢查，以明確病變是良性、惡性，決定手術範圍；癌症病人在化療前和化療後也需要做病理，評判化療藥的療效，評估患者的預後；早期癌症的發現也需要做病理，像宮頸癌做TCT、HPV等，能夠及早發現宮頸的早期病變，便於醫生更好的進行疾病評估，給病人的早期診治爭取時間。
