青蒿素和青黴素的區別在與適應症不同、不良反應不同、禁忌症不同等，需要在醫生指導下用藥，不可以私自使用藥物，以免出現不良反應。
1、適應症不同
青蒿素裏面的成分有蒿甲醚、二氫青蒿素等，具有殺滅瘧原蟲的作用，通常可以用於治療各型瘧疾。而青黴素屬於是一種抗生素，具有殺菌、抗感染等功效，對於治療菌血症、毛囊炎等疾病具有很好的效果。
2、不良反應不同
青蒿素的不良反應，有嘔吐、噁心、腹瀉等，嚴重時會出現水泡、皮膚瘙癢等症狀。青黴素的過敏反應有白細胞減少、蕁麻疹等，嚴重時還會出現毒性反應，常見的症狀有昏迷、抽搐等。
3、禁忌症不同
青蒿素孕婦慎用，禁忌尚不明確。而青黴素是對藥物過敏的人不可以使用。
此外，青蒿素和青黴素的性質也會有所不同，青蒿素屬於是中藥，而青黴素屬於是β內酰胺類抗生素。
