灌腸的六大併發症有肛周血腫、腸道痙攣、腸黏膜損傷、痔瘡、腸道穿孔、腸炎發作。
1、肛周血腫
灌腸使用的管徑較粗、較硬、較粗糙，或者操作不當等狀況下，均有可能導致肛門牽拉損傷，引起肛周血腫。
2、腸道痙攣
灌腸時，如果肛管插入過深或者灌腸液溫度過高，會刺激腸道黏膜，引起腸道痙攣。
3、腸黏膜損傷
灌腸操作動作較爲粗暴，可能會導致腸道黏膜損傷，引起腹痛、腸道出血等症狀。
4、痔瘡
自身患有痔瘡時，灌腸期間肛門部位受到擠壓後，有可能導致痔瘡破裂出血。
5、腸道穿孔
灌腸插管時，如果插入過深、用力過猛，或者灌腸液流速過快等因素，均有可能對腸道造成損傷，引起腸道穿孔。
6、腸炎發作
灌腸可能會導致原本患有腸炎引起的腸道潰瘍面再次受到二次創傷，引起腸炎發作，並出現腸道出血、大便帶血等症狀。
此外，如果是肝性腦病患者通過灌腸治療，有可能會引起意識障礙、行爲障礙等併發症。
