羊肚菌具有高蛋白，低脂肪的特點，營養和藥用價值都很高，但日常並非人人都適宜吃羊肚菌，如以下人羣是不宜吃羊肚菌的。
羊肚菌作爲一種珍貴的可食用菌類，大部分的人羣都可以食用，但是又由於它是發物的一種，其中攜帶有一些易致敏物，有小部分易過敏體質的人羣食用之後會誘發過敏反應，產生皮膚紅腫、長蕁麻疹、瘙癢等不適，因此建議易過敏體質者最好慎吃羊肚菌。
羊肚菌中膳食纖維豐富，100克可食用的部分含有7%左右的粗纖維，膳食纖維有促進腸胃蠕動，改善便祕的作用，但是卻很難消化，需要在胃中後停留很長一段時間才能消化完全，對於本身脾胃虛弱，消化不好的人來說，吃羊肚菌會加重其腸胃負擔，所以不宜食用。
羊肚菌是動風食物，能夠引發舊疾，《隨息居飲食譜》中是這樣提到菌類食物：“痧痘後，產後，病後忌之，性能動風故也”，所以患有頑固性皮膚瘙癢的人，不宜食用羊肚菌否則會導致病情加重或誘發舊疾。
羊肚菌中含有含有大量的維生素、纖維素、蛋白質、多糖、氨基酸成分，適量食用具有降血糖、提高免疫、促進食慾、潤腸通便的作用，但對於腹瀉便溏者來說，過量食用容易加重其病情，不利於身體康復。
女性在懷孕後可以適量的吃羊肚菌。
羊肚菌營養豐富，裏面含有豐富的蛋白質、氨基酸和維生素等，女性食用後可以起到提高自身免疫力、增加營養、美白養顏等功效。
但要注意羊肚菌是一種真菌類食物，富含膳食纖維，而且菌類食物宜藏污、腐壞，如過量食用或吃的食物不新鮮，容易導致腹瀉、腹痛等胃腸道不適應的情況，女性在懷孕後吃的食物儘量要新鮮、清潔、衛生才行。
如小孩過量食用反季節栽培的羊肚菌有可能會引起早熟現象。
野生的羊肚菌在每年的3-5月份上市，但隨着其價格的升高，大棚種植的羊肚菌也會在反季節售賣，而這些反季節的羊肚菌不但味道不好，幾乎都是在“促生長劑”的協助下才反季或提早成熟，小孩食用後存在激素殘留的問題，對正處於生長髮育期的孩子危害較爲嚴重，如經常進食可使孩子發育異常、早熟，影響終身健康。
