新生兒吃整腸生有可能會出現副作用，但是也是因人而異的。
新生兒的各個器官發育不是太完善，如果肝臟器官還沒有完全發育好的情況下，身體內的消化酶分泌不足，如果再吃整腸生的時候，有可能會出現便祕或者是腹瀉，還有大便乾燥等不良的副作用，如果新生兒免疫力低下，還有可能會出現皮膚容易過敏的情況，導致皮膚髮紅或者是瘙癢等症狀。
整腸生是一種益生菌，可以起到調節胃腸道菌羣的作用，對緩解新生兒出現腹瀉有治療的效果，但是在服用整腸生的藥物時，需要謹遵醫囑，不要自己在家盲目用藥，以免產生一些不良的副作用。另外還要注意做好新生兒腹部的保暖，避免着涼，哺乳期間的母親不要吃油膩以及刺激性的食品，比如炸雞腿或者是辣椒、生薑等。
