一般情況下，菌落總數超標，如果不是特別嚴重，則一般不會對人體造成危害。但如果超標比較嚴重，可能會加大胃腸炎以及食物中毒等不適的發生。具體分析如下：
一、沒有危害
菌落是用來判斷食物被污染嚴重程度的標誌，檢測時當菌落總數超標，則說明食物衛生狀況達不到基本的要求，可能會破壞食物當中的營養成分，加快食品的腐敗變質，吃了之後會引發身體出現不適。如果只是輕微超標，說明食物衛生狀況不是特別差，此時所攝入的食物，能夠快速的隨着身體的新陳代謝被消化吸收，一般不會引發身體出現不適。
二、有危害
1、胃腸炎
如果菌落總數超標比較嚴重，則說明當中的致病菌也比較多，這些病菌會破壞胃腸道內正常的菌落環境，一部分可能會被胃腸道滅殺，一部分可能會留在胃腸道，對胃腸黏膜長時間造成刺激，誘發胃腸炎的發生，引發腹瀉、噁心以及嘔吐等症狀。
2、食物中毒
嚴重情況下，會導致腸道菌羣紊亂，引發食物中毒，表現出噁心、嘔吐以及腹瀉等症狀，甚至會危及個人身體健康。
如果經常過多攝入菌落總數超標的食物，則可能還會引發身體出現敗血症或者菌血症，甚至還會危及到個人身體康。爲了確保身體的安全，儘量做好食品安全監督。
