一般情況下，豆芽根部發黑了不能吃。
一般豆芽頭部的莖部呈現綠色或白綠色，若豆芽因光照、氧化反應等原因，使豆芽的顏色可能會變爲紅色、黃色等情況，屬於正常現象，不會影響食用。但豆芽根部發黑，說明豆芽發生變質，不能再繼續食用，誤食後可能會造成食用者出現腹痛、腹瀉、嘔吐等胃腸道不適症狀。
建議可以將沒有吃完的豆芽用保鮮盒或保鮮袋進行密封，放置於冰箱內，能延長豆芽存放的保質期。購買豆芽儘量要按自身的需求購買，避免購買過多，導致長時間存放，出現變質的情況。日常也要注意飲食的衛生和飲食結構，保證自身的營養均衡。同時在日常生活中多攝入牛奶、雞蛋、瘦肉等營養比較豐富蛋白質較高的食物，避免過多的食用辛辣刺激性食物。
