可以分爲原發性和繼發性兩種。原發性腎積水又稱爲先天性腎積水，自發性腎積水。最主要的原因是由於腎盂輸尿管連接的部位梗阻，往往是由於這個部位的肌細胞被大量的膠原蛋白分離，失去了正常的排列，不能有效的傳遞起搏細胞的電活動，阻斷了正常蠕動的主動的傳送，也可以是由於動力性原因導致的，像階段性無動力性功能失調。
繼發性腎積水多是由於泌尿系的一些其他疾病導致的，像上尿路的梗阻，包括有腫瘤、息肉、結石、結核、炎症、損傷、畸形、腎下垂等，上尿路外部的壓迫，還有腹部盆腔腹膜後的腫塊，突發性腹膜後纖維化，還有因爲血管、妊娠或者是月經期的充血，導致月經初期的充血導致的卵巢靜脈壓迫。
另外還有下尿路的梗阻，像男性的前列腺增生、前列腺癌，還有一部分患者的尿道狹窄、膀胱輸尿管的反流，這些都是導致腎積水所發生的原因。
