吃了奇亞籽拉肚子可能是正常的生理性現象，也可能是慢性胃炎、過敏性胃腸炎等疾病引起的病理性現象。
奇亞籽中的膳食纖維含量比較高，可以促進腸道蠕動，加快腸內容物排出，起到緩解便祕的作用。奇亞籽中還含有大量的果膠，能夠潤滑腸道，以及保持大便比較軟。所以吃了奇亞籽拉肚子，可能是因爲腸道蠕動速度比較快，引起的正常的生理現象。
吃了奇亞籽拉肚子，還可能是因爲患者感染幽門螺桿菌，長期飲食比較刺激，導致胃黏膜發生慢性病變出現慢性胃炎，或患者抵抗力比較低下、爲過敏性體質，容易對奇亞籽過敏，導致吃了奇亞籽以後，腸道發生變態反應，發生過敏性胃腸炎造成的。
吃了奇亞籽拉肚子，如果症狀比較嚴重，可以在醫生的指導下使用止瀉藥，比如蒙脫石、乙胺丁醇等抑制腸道蠕動速度，進行改善。
