服用益生菌反酸加重的原因可能是生理因素引起的，也可能是病理因素導致的，如藥物刺激、反流性食管炎等。具體分析如下：
一、生理因素
益生菌能夠調理胃腸道環境，緩解便祕、腹瀉等病症。如果在使用期間，沒有調整飲食結構，經常暴飲暴食，致使益生菌無法起到良好的治療效果，引起食管部位的保護屏障下降，就可能會出現這種情況。建議日常飲食應以清淡爲主，餐後不可劇烈活動，以免增加胃腸負擔。
二、病理因素
1、藥物刺激
如果患者長時間使用鈣通道阻滯劑，導致食管部位括約肌鬆弛，無法抵禦胃酸反流，就會出現上述情況。建議患者可諮詢醫生，是否更換藥物治療。
2、反流性食管炎
若患者長時間飲食不規律，或者精神壓力較大，導致迷走神經過於興奮，在腹內壓力增加時，局部肌肉無法出現收縮反應，胃內容物迴流至食管部位，出現該症狀。建議患者遵醫囑使用奧美拉唑腸溶膠囊、枸櫞酸莫沙必利片等藥物治療。
除此之外，胃潰瘍、十二指腸潰瘍等也可能會引起這種情況。建議日常應保持良好飲食習慣，控制體重。
