香菇在烹飪中運用較廣，適於滷、拌、熗、炒、燉、燒、炸、煎等多種烹法。既可作主料，也可作多種原料的配料，還可用於餡心的製作，有時還有配色的作用。
香菇中膳食纖維，豐富100克可食用的部分，含有7%左右的粗纖維，膳食纖維有促進腸胃蠕動，改善便祕的作用，但是卻很難消化，需要在胃中後停留很長一段時間才能消化完全，對於本身脾胃虛弱，消化不好的人來說，吃香菇會加重其腸胃負擔，所以不宜食用。
香菇是發物，有動風之效，體內脾胃虛寒，寒氣重，溼氣重的人不宜食用，因爲吃香菇只會讓體內這些溼氣寒氣變得更嚴重，所以不宜吃。
孕婦生產之後，體質虛寒，宜吃溫補的食物，香菇雖然性平，但是它的性質還是偏寒涼的，所以剛生產完的婦女不宜食用香菇。
其實大多數菌類中的嘌呤含量屬於中高型，嘌呤食物吃多會加重痛風，但是香菇在乾製、儲存與烹調過程中，其中的嘌呤受到一定影響，痛風患者可以少量食用。但所謂的蘑菇濃湯、三鮮湯等不適宜吃。
醫學資料上面顯示患有高血壓的病人是可以吃香菇的。香菇有一定的降低血壓的效果的。
香菇中的脂肪以不飽和脂肪酸爲主,且80%以上是亞油酸,它是香菇降壓、降脂、防治動脈粥樣硬化的重要物質。香菇中含有的香菇嘌呤等核酸物質能促進膽固醇的分解和排泄,連續食用能降低膽固醇及三酰甘油。另外,香菇屬高鉀低鈉食品,對穩定、降低血壓,保護血管也十分有益。因此,高血壓、動脈粥樣硬化、年老體弱及腫瘤等患者,宜常食香菇。
香菇若是和河蟹一起食用容易導致腎結石。香菇和河蟹當中都富含維生素D，一起吃會導致含量過高，鈣物質增加，導致結石。香菇若是和河蟹一起食用容易導致腎結石
香菇不能和西紅柿和胡蘿蔔一起吃，香菇中生化物質含量豐富，與富含類胡蘿蔔素豐富的西紅柿、胡蘿蔔等食物同食，會破壞西紅柿的類胡蘿蔔素，使其營養價值降低。
香菇和驢肉一起容易導致腹痛腹瀉。驢肉是高蛋白低脂肪食物，可以補氣血，益臟腑。香菇是發物，一起吃容易加重腸胃負擔。
鵪鶉蛋是不能和香菇一起食用的，當鵪鶉蛋和香菇一起食用時會產生一種物質，這種物質容易使食用者的面部生長黑斑，不利於皮膚健康，所以說，我們一般不建議香菇和鵪鶉蛋一起食用。
香菇不宜與鵪鶉肉同食，否則可能會使人體產生血管痙攣。
